Il 4 luglio 1995, il Comitatone, recependo le richieste del Comune di Venezia, delibera di assoggettare il Progetto di massima delle paratoie mobili a Valutazione di Impatto Ambientale (VIA) e incarica il Magistrato alle Acque, quale Ente proponente l'opera, di redigere lo Studio di Impatto Ambientale (SIA), stabilendone la tempistica. Ma la "particolarità" del caso Venezia determina anche una "straordinaria" soluzione procedurale riguardo alla VIA: il Comitato decide infatti di affiancare alla Commissione VIA del Ministero dell'Ambiente un Collegio di esperti di livello internazionale assecondando, in questo senso, una richiesta specifica formulata dal Comune di Venezia.

Per la redazione dello Studio di Impatto Ambientale (SIA) del progetto delle paratoie mobili, il Magistrato alle Acque con il suo Concessionario si avvale, tra le altre, della collaborazione di un Panel di professori del Massachusetts Institute of Technology (MIT) di Boston. Il Panel del MIT ha seguito in itinere gli studi e ne ha quindi validato i risultati.

 

La Commissione per la valutazione di impatto ambientale del Ministero dell'Ambiente si pronuncia, il 10 dicembre 1998, esprimendo un giudizio di compatibilità negativo rispetto all’opera da realizzare (Sintesi delle conclusioni del parere della VIA). Mentre nello stesso giorno l'Ufficio Centrale per i Beni Ambientali e Paesaggistici del Ministero per i Beni e le Attività Culturali esprime, sia pur con prescrizioni, parere favorevole sul Progetto.

Tuttavia, il 24 dicembre 1998, il Ministro dell'Ambiente, di concerto con il Ministro per i Beni e le Attività Culturali, recependo la posizione della Commissione VIA del Ministero dell'Ambiente, esprime "allo stato, giudizio di compatibilità ambientale negativa".

 

Nel febbraio 1999, anche i Consigli Comunali di Chioggia e di Venezia formulano il proprio parere sul Progetto: il primo in uno specifico voto dichiara "indispensabile che prosegua nella sua interezza il processo di difesa [...] comprendendo in questo la difesa dalle acque alte eccezionali" e dà mandato al Sindaco di richiedere "il proseguimento della attività progettuale alle bocche di porto"; il secondo invece formula parere negativo.

Nello stesso mese, il 26 febbraio 1999, il Consiglio Superiore dei Lavori Pubblici, in Assemblea Generale, emette il proprio parere sul SIA delle paratoie mobili (voto n. 19) riconfermando all’unanimità il parere favorevole sulla soluzione progettata. Il Consiglio Superiore è del parere "[…] che, sulla base delle conoscenze tecnico-scientifiche e degli studi ormai ampiamente sviluppati e nella ribadita inscindibilità dell'attuazione degli interventi di salvaguardia, può affermarsi che la difesa dalle acque alte della città di Venezia non può che essere assicurata dalla regolazione delle bocche lagunari con il sistema delle paratoie mobili; e che pertanto non sussistono motivi ostativi allo sviluppo del Progetto esecutivo di tale sistema, anche per poter apportare i miglioramenti e le innovazioni conseguenti allo sviluppo della scienza e della tecnica degli ultimi sei anni".

L'8 marzo 1999, il Comitatone, con decisione unanime, presa visione dei diversi giudizi espressi nell'ambito della procedura straordinaria di VIA del Progetto, con Delibera incarica il Magistrato alle Acque di svolgere direttamente (se sua competenza) ovvero di coordinare (se di competenza diversa) una serie di attività di approfondimento fra loro connesse entro il 31 dicembre 1999, riservandosi, in base agli esiti degli approfondimenti, di esprimere il proprio avviso in ordine all'avvio della progettazione esecutiva. Nel medesimo Comitato, si richiede l'istituzione di un Ufficio di Piano, formato con il concorso delle Amministrazioni competenti, per partecipare alla revisione del Piano generale degli interventi. Nell’aprile 1999 il Ministro dei Lavori Pubblici invita tutte le Amministrazioni rappresentate nel Comitatone alla designazione di un proprio rappresentante per la costituzione di un Gruppo di lavoro, presieduto dal Presidente del Magistrato alle Acque, in attesa della costituzione dell'Ufficio di Piano di cui sopra.

 

Sempre nell’aprile del 1999, anche il Parlamento Europeo si interessa alla salvaguardia di Venezia ed emette una Risoluzione sulla situazione di crisi a Venezia: "in considerazione dell'unicità architettonica e artistica di Venezia, della particolare condizione geografica ed idrogeologica, dell'aggravarsi della situazione economica e demografica e del fenomeno delle acque alte, si chiede al Governo italiano di prendere provvedimenti efficaci al fine di una riqualificazione urbana, socio economica ed ambientale di Venezia e della laguna e di pronunciarsi positivamente e definitivamente sul progetto Mose". Il 29 ottobre dello stesso anno, viene firmato a Strasburgo da più di 100 Eurodeputati, appartenenti a tutti i gruppi parlamentari, un Appello per Venezia, in cui si chiede al Governo italiano di decidere, entro fine anno, circa il passaggio alla fase di progettazione esecutiva del progetto delle opere mobili alle bocche di porto per la regolazione delle maree.

 

Il Gruppo di lavoro tiene dieci riunioni plenarie e ventiquattro incontri specifici su singole questioni tecniche e temi di approfondimento, con la più ampia informazione e con l'effettiva e costante partecipazione delle Amministrazioni interessate.

 

Il 12 luglio 2000 si svolge la riunione del Comitatone, che avrebbe dovuto decidere, tra l'altro, l'eventuale passaggio alla fase esecutiva del Progetto delle paratoie mobili. Nel corso della seduta, il Presidente del Consiglio dei Ministri prende atto dell'avvenuto completamento, da parte del Gruppo di lavoro, degli studi, degli approfondimenti e delle attività richieste dalla Delibera dell'8 marzo 1999. Vista la divergenza di pareri sull'avvio di una fase progettuale esecutiva, tra il giudizio del Ministro dell'Ambiente e quello del Ministro dei Lavori Pubblici proponente l'opera, il Presidente decide che la questione sia rimessa al Consiglio dei Ministri.

 

Il 14 luglio 2000 il Tribunale Amministrativo Regionale per il Veneto (TAR), con propria Sentenza, annulla, per vizi formali e sostanziali, il Decreto di compatibilità ambientale negativo del Progetto che era stato emesso nel dicembre 1998 dal Ministro dell'Ambiente di concerto con il Ministro per i Beni e le Attività Culturali, e che recepiva la posizione, precedentemente espressa, della Commissione di VIA.