Nel febbraio 1999, anche i Consigli Comunali di Chioggia e di Venezia formulano il proprio parere sul Progetto: il primo in uno specifico voto dichiara "indispensabile che prosegua nella sua interezza il processo di difesa [...] comprendendo in questo la difesa dalle acque alte eccezionali" e dà mandato al Sindaco di richiedere "il proseguimento della attività progettuale alle bocche di porto"; il secondo invece formula parere negativo.

Nello stesso mese, il 26 febbraio 1999, il Consiglio Superiore dei Lavori Pubblici, in Assemblea Generale, emette il proprio parere sul SIA delle paratoie mobili (voto n. 19) riconfermando all’unanimità il parere favorevole sulla soluzione progettata. Il Consiglio Superiore è del parere "[…] che, sulla base delle conoscenze tecnico-scientifiche e degli studi ormai ampiamente sviluppati e nella ribadita inscindibilità dell'attuazione degli interventi di salvaguardia, può affermarsi che la difesa dalle acque alte della città di Venezia non può che essere assicurata dalla regolazione delle bocche lagunari con il sistema delle paratoie mobili; e che pertanto non sussistono motivi ostativi allo sviluppo del Progetto esecutivo di tale sistema, anche per poter apportare i miglioramenti e le innovazioni conseguenti allo sviluppo della scienza e della tecnica degli ultimi sei anni".

L'8 marzo 1999, il Comitatone, con decisione unanime, presa visione dei diversi giudizi espressi nell'ambito della procedura straordinaria di VIA del Progetto, con Delibera incarica il Magistrato alle Acque di svolgere direttamente (se sua competenza) ovvero di coordinare (se di competenza diversa) una serie di attività di approfondimento fra loro connesse entro il 31 dicembre 1999, riservandosi, in base agli esiti degli approfondimenti, di esprimere il proprio avviso in ordine all'avvio della progettazione esecutiva. Nel medesimo Comitato, si richiede l'istituzione di un Ufficio di Piano, formato con il concorso delle Amministrazioni competenti, per partecipare alla revisione del Piano generale degli interventi. Nell’aprile 1999 il Ministro dei Lavori Pubblici invita tutte le Amministrazioni rappresentate nel Comitatone alla designazione di un proprio rappresentante per la costituzione di un Gruppo di lavoro, presieduto dal Presidente del Magistrato alle Acque, in attesa della costituzione dell'Ufficio di Piano di cui sopra.

 

Sempre nell’aprile del 1999, anche il Parlamento Europeo si interessa alla salvaguardia di Venezia ed emette una Risoluzione sulla situazione di crisi a Venezia: "in considerazione dell'unicità architettonica e artistica di Venezia, della particolare condizione geografica ed idrogeologica, dell'aggravarsi della situazione economica e demografica e del fenomeno delle acque alte, si chiede al Governo italiano di prendere provvedimenti efficaci al fine di una riqualificazione urbana, socio economica ed ambientale di Venezia e della laguna e di pronunciarsi positivamente e definitivamente sul progetto Mose". Il 29 ottobre dello stesso anno, viene firmato a Strasburgo da più di 100 Eurodeputati, appartenenti a tutti i gruppi parlamentari, un Appello per Venezia, in cui si chiede al Governo italiano di decidere, entro fine anno, circa il passaggio alla fase di progettazione esecutiva del progetto delle opere mobili alle bocche di porto per la regolazione delle maree.